Los hallazgos que se cuestionan, localizados entre 2005 y 2006 bajo la gestión de la empresa Lurmen –dirigida por Gil y Filloy–, son unos grafitos escritos en cerámicas de los siglos III, IV y V que en su día se calificaron como históricos porque, entre otras cosas, adelantaban al siglo III la aparición del euskara y la entrada del cristianismo.

Varios expertos cuestionaron la autenticidad de estos hallazgos porque consideraron que las palabras en latín y en euskera que aparecían inscritas en los grafitos eran demasiado vulgares o modernas para la época. Finalmente, la Diputación alavesa denunció a Gil y Filloy por «atentado contra el patrimonio y estafa, y el juzgado que lleva el caso ordenó un análisis de las inscripciones para determinar su autenticidad o falsedad.

En julio de 2012 el encargó recayó en el IPCE, organismo dependiente del Ministerio español de Cultura, que ha redactado un informe que concluye que 35 de las 39 piezas analizadas son de origen «contemporáneo».

Eliseo Gil ha denunciado que este informe es «un auténtico despropósito» porque basa sus conclusiones en «observaciones superficiales con un microscopio», y ha explicado que este análisis puede detectar «las huellas de todas las manipulaciones» que han sufrido los grafitos para su limpieza o estudio, pero que no «resuelve de forma definitiva el tema de la autenticidad», para lo que es necesario estudiar «lo que hay debajo».

En cuanto a la veintena de «metales modernos» hallados por el IPCE, el arqueólogo ha explicado que los grafitos han pasado por «distintas manos y herramientas» y que la presencia de metales «debe interpretarse en este sentido y nunca como una evidencia de falsificación», especialmente cuando un análisis de 2008 no halló restos de ellos.

Además, Gil ha asegurado que «no ha existido cadena de custodia de los materiales durante los últimos seis años» y ha denunciado que las piezas «han estado en manos de la parte querellante, cuando deberían haber permanecido bien guardadas y precintadas en sede judicial», hecho que a su juicio  «es causa suficiente para cerrar el caso por indefensión».

Su compañera Idoia Filloy ha subrayado que toda esta polémica «profesionalmente nos han finiquitado de forma definitiva. Y a nivel personal, esto es una tortura, una situación horrorosa».